В марте 1999 года был арестован по обвинению в превышении должностных полномочий подполковник ФСБ Александр Литвиненко, к 2000 году против него одно за другим были заведены три уголовных дела. После этого, находясь под подпиской о невыезде, он бежал в Турцию, а затем в Великобританию, где в 2001 году получил политическое убежище. В 2002 году военный суд России заочно приговорил Литвиненко к трем с половиной годам лишения свободы.
Находясь в Великобритании, Литвиненко получил известность как активист-правозащитник и ожесточенный критик российской власти и лично президента Владимира Путина. В 2001 году в соавторстве с Юрием Фельштинским опубликовал книгу «ФСБ взрывает Россию», в которой российская спецслужба обвинялась в совершении терактов, похищений и убийств. В 2002 году вышла вторая книга Литвиненко — «ЛПГ (Лубянская преступная группировка)». 1 ноября 2006 года Литвиненко встретился с бывшим сотрудником ФСБ Андреем Луговым и бизнесменом Дмитрием Ковтуном, а затем — с итальянским экспертом по вопросам безопасности Марио Скарамеллой. Скарамелла передал Литвиненко документ, якобы содержавший имена лиц, причастных к убийству Анны Политковской, а также список новых вероятных жертв — в том числе самих Литвиненко и Скарамеллы. В тот же день Литвиненко почувствовал недомогание, а 4 ноября был госпитализирован. 23 ноября Литвиненко скончался в больнице, и посмертное вскрытие обнаружило в его теле следы радиоактивного вещества — полония. 24 ноября было обнародовано заявление, подписанное Литвиненко утром 21 ноября в присутствии жены. В заявлении были следующие слова:
«Сейчас я лежу здесь и отчётливо слышу биение крыльев ангела смерти. Поэтому я думаю, что пришло время сказать пару слов человеку, ответственному за моё нынешнее состояние. Возможно, у вас и получится заставить меня замолчать, но это молчание не пройдёт бесследно для вас. Вы показали, что являетесь тем безжалостным варваром, каким представляют вас самые жестокие критики. Вы показали, что у вас никакого уважения к человеческой жизни, свободе и другим ценностям цивилизации. Вы показали, что недостойны своей должности, недостойны доверия цивилизованных людей. Возможно, у вас и получится заставить замолчать одного человека, но протесты по всему миру будут звучать в ваших ушах, господин Путин, до конца вашей жизни. Пусть Бог простит вас за то, что вы сделали — не только со мной, но и с моей любимой Россией и её народом».
По данным Скотланд-Ярда, Литвиненко был отравлен Андреем Луговым; как предполагается, убийство было организовано ФСБ из мотивов мести. В начале июля 2007 года Генеральная прокуратура РФ отказала МВД Великобритании в удовлетворении запроса об экстрадиции Лугового, сославшись на статью 61-ю Конституции РФ и обвинив Скотланд-Ярд в недостатке доказательств. В октябре 2007 года президент РФ Путин вновь заявил английской стороне об отказе в выдаче Лугового.
